Сенат действует в виде департаментов, общих собраний и соединённых присутствий. В 1871 и 1876 годах московские и варшавские департаменты Сената были упразднены. Дальнейшее умаление значения Сената выразилось в том, что военная и морская коллегии снова были изъяты из его ведения. Ныне уже все у вас в руках», — писал Петр Сенату. В 1756 году Сенату было подчинено запорожское казачье войско.

Основанный Петром Сенат не представлял ни малейшего сходства с иностранными учреждениями того же имени (Швеция, Польша) и отвечал своеобразным условиям русской государственной жизни того времени. Степень предоставленной Сенату власти определялась тем, что Сенат был учрежден вместо его царского величества собственной персоны.

Внутренняя деятельность Петра с 1700 года

Комиссары не только принимали указы, но и следили за их исполнением, доставляли Сенату необходимые сведения, исполняли на местах его поручения. Впоследствии, с учреждением коллегий, значение комиссаров падает: посредствующим звеном между Сенатом и губерниями становятся коллегии.

При Сенате состоял обер-фискал (впоследствии генерал-фискал) с четырьмя помощниками, в каждой губернии — провинциал-фискал с тремя помощниками, во всяком городе — один или два городовых фискала. Когда прекратились постоянные отлучки Петра, вызвавшие учреждение Сената, вопрос о закрытии его не возникает. При все более теряющих своё значение приказах Сенат становится местом, где производятся все важнейшие дела управления, суда и текущего законодательства.

В области дел административных в Сенате произошла с 1802 года наиболее сложная перемена

Кроме того, Петр нашёл, что Сенат как высшая инстанция над коллегиями не может состоять из лиц, которые сидят в коллегиях. В 1718 году он был приставлен к податной ревизии, и должность его сама собою упразднилась. Избранное 13 февраля 1720 года им лицо — Анисим Щукин — оказалось непригодным для этих обязанностей; будучи в то же время обер-секретарем Сената, Щукин сам находился у него в подчинении.

19 ноября 1721 года Петр предписывает Сенату не чинить без подписания руки его никакого определения генерального. 19 января 1722 года в Москве были учреждены конторы от каждой коллегии, а над ними поставлена сенатская контора из одного сенатора, ежегодно менявшегося, и двух асессоров. В это же время мало-помалу исчезают и должности фискалов. Титул Правительствующий ещё при Екатерине был признан «неприличным» сенату и заменен титулом «Высокий».

Через несколько дней была восстановлена должность рекетмейстера; Сенат снова сосредоточил в своих руках все управление. На самом деле разделение Сената на департаменты не осуществилось.

Через кабинет восходили к императрице доклады всех учреждений, в том числе и Сената; из него объявлялись высочайшие резолюции. После указа 9 июня 1735 года фактическое господство кабинет-министров над Сенатом приобретает законную основу, и на доклады Сената резолюции кладутся уже от имени кабинета.

Иностранная коллегия осталась, однако, неподчинённою Сенату. Устраняя Сенат, конференция начинает непосредственно сноситься с подчинёнными ему местами.

Должность генерал-прокурора, учрежденная в 1722 г., должна была, по мысли Петра, служить связью между верховной властью и центральными органами управления и средством для контроля над Сенатом

Свобода действий Сената в области внутреннего управления была сильно стеснена запрещением «издавать указы, кои в некоторый закон или подтверждение прежних служат» (1762). По вступлении на престол императрицы Екатерины II Сенат снова становится высшим учреждением в империи, ибо совет прекращает свою деятельность. Все департаменты были признаны в равной силе и достоинстве. В деловом отношении разделение Сената на департаменты принесло громадную пользу, в значительной мере устранив ту невероятную медленность, которою отличалось сенатское делопроизводство.

Сенат разрешал возникающие между административными местами пререкания о власти и передаёт дела из одного присутственного места в другое

Даже от участия в работах комиссии 1767 года Сенат был совершенно отстранен; ему предоставлено было только, подобно коллегиям и канцеляриям, избрать в комиссию одного депутата. Подорвав общее значение Сената, эта мера особенно тяжело отразилась на III и IV его департаментах. Сенату приходилось стать в непосредственные сношения с новыми губернскими установлениями, которые ни формально, ни по духу своему не были согласованы с учреждением Сената.

Современники считали генерал-прокурора начальником Сената и первым лицом в империи после монарха

Давление его на Сенат ещё более увеличилось. Лежит Сенат в пыли, седым покрытый мраком Восстань! Основной характер Сената, как и других центральных учреждений, окончательно намечается в царствование Александра Павловича. 5 июня 1801 года был издан именной указ, которым Сенат приглашался составить доклад о правах своих и обязанностях. Указ этот, в котором ясно было выражено намерение императора поднять значение Сената, произвёл сильнейшее впечатление не только на Сенат, но и на образованную публику вообще.

Результатом всех этих совещаний явился именной указ 8 сентября 1802 года о правах и обязанностях Сената. Указ этот является последним законодательным актом, систематически определяющим как самую организацию Сената, так и его отношение к другим высшим учреждениям. Одновременно с указом о Сенате был издан манифест об учреждении министерств, причём было постановлено, что ежегодные отчёты министров представляются в Сенат для доклада государю.

По составу своему Сенат остался собранием далеко не первых сановников империи. Непосредственных сношений Сената с верховною властью не было создано, и это предопределило характер отношений Сената к Государственному совету, министрам и Комитету министров. Из сенаторов часть назначается к присутствованию в департаментах, часть присутствует лишь в общих собраниях, часть вовсе освобождена от каких-либо занятий по Сенату.

Поскольку государственное и политическое положение учреждения обусловливается общественным положением его членов, положение Сената зависит именно от этих сенаторов, присутствующих в департаментах.

Неназначение первоприсутствующего в первый департамент в высочайшем повелении 1832 года мотивировано тем, что этому департаменту вверены собственно дела распорядительные. Помощником генерал-прокурора в Сенате был обер-прокурор. Были образованы новые ведомства, дела которых не входили в круг ведения Сената. Сенат был, таким образом, высшим административным органом в государстве.